巴氏消毒装置的原理：
灭菌的原理是在一定温度范围内，温度越低，细菌繁殖越慢;温度越高，繁殖越快。但温度太高，细菌就会逝世。不同的细菌有不同的适成长温度和耐热、耐冷能力。巴氏消毒其实就是使用病原体不是很耐热的特点，用恰当的温度和保温时间处理，将其全部杀灭。但经巴氏消毒后，仍保留了小部分无害或有利、较耐热的细菌或细菌芽孢，
当今使用的巴氏灭菌程序种类繁复。“低温长期”(LTLT)处理是一个间歇过程，现在只被小型乳品厂用来生产一些奶酪制品。“高温短时间”(HTST)处理是一个“活动”过程，通常在板式热交换器中进行，现在被广泛使用于饮用牛奶的生产。通过该方法取得的产品不是无菌的，即仍含有微生物，且在储存和处理的过程中需求冷藏。“快速巴氏灭菌”主要使用于生产酸奶乳制品。
通用的巴氏高温消毒法主要有两种：
一种是将牛奶加热到62~65℃，坚持30分钟。选用这一方法，可杀死牛奶中各种成长型致病菌，灭菌功率可达97.3%~99.9%，经消毒后残留的仅仅部分嗜热菌及耐热性菌以及芽孢等，但这些细菌多数是乳酸菌，乳酸菌不但对人无害反而有利健康。
第二种方法将牛奶加热到75~90℃，保温15~16秒，其灭菌时间更短，工作功率更高。但灭菌的基本原则是，能将病原菌杀死即可，温度太高反而会有较多的营养丢失。
