无论是直接采用离子交换系统或许先用电渗析法(EDI)，再加上反渗透的系统，一般的自来水、地下水或工业用水往往都不可以满足离子交换树脂或反渗透膜对玷污物质的进水要求。源水只需通过恰当的预处理后，方能满足后道制水制备系统对进水的水质要求。
为使原水的水质抵达一个预期的指标，以满足医用纯化水设备过程对源水的要求，必须对原水进行预处理，原水预处理的主要对象是水中的悬浮物、微生物、胶体、有机物、重金属和游离状况的余氯等。
当原水中碳酸盐硬度较高时，可以在去除浊度的同时，参与石灰进行预软化。当然现在采用得较多的方法是采用阳离子交换树脂或加阻垢剂。
当原水中游离氯超过后续进水标准时，可采用活性炭过滤或参与亚硫酸钠等方法处理。
如果后续工序对胶体状况的硅要求较高，可在参与石灰的同时参与氧化镁，以达到去除硅的目的。
当原水中铁、锰含量较高时，应添加曝气、过滤设备，去除铁和锰。
